mardi 27 novembre 2007
Actualités musicales
http://www.youtube.com/watch?v=_EIBi2uojwM
C'est un inédit de notre Michael préféré qui ne figure sur aucun album. Une bombe. Le montage fait par un fan est pas mal non plus...
http://www.youtube.com/watch?v=p8Z-DIAthbM
1,2,3 de Feist. Très frais et un peu naif, ça fait du bien. Le clip en un seul plan séquence est remarquable. Ca a évidemment nécessité des effets spéciaux mais ils sont très subtils.
http://www.youtube.com/watch?v=259yZDfxs4c
Sympa. A suivre. Du potentiel.
http://www.youtube.com/watch?v=DhEDbqktSEM
Ca swingue et ça pète.
et puis histoire de plomber un peu l'atmosphère
http://www.youtube.com/watch?v=YxQrPXPSVhQ
Je pleure à chaque fois que j'écoute cette chanson, maintenant plus que jamais.
dimanche 25 novembre 2007
Les souris arc-en-ciel

Après la souris verte (qui courait dans l'herbe) voici les souris brainbow, joli mot-valise sur cerveau et arc-en-ciel en anglais. Ce sont des chercheurs de Harvard qui les ont présentées dans un des derniers Nature. Il s'agit de mieux pouvoir comprendre la structure des réseaux neuronaux dans le cerveau, la structure la plus complexe du système solaire (juste devant l'administration française). Les chercheurs ont eu l'idée d'utiliser les multiples gènes qui codent des protéines fluorescentes (clonés à partir de gènes de divers organismes dont des méduses fluorescentes) et de permettre de les combiner de façon aléatoire de façon à obtenir de multiples couleurs différentes (jusqu'à 90 couleurs). Techniquement, c'est habilement réalisé grâce à la technique Cre/Lox. Cre est une enzyme qui, lorsqu'elle reconnait deux séquences Lox sur l'ADN, excise (enlève) le morceau d'ADN entre ces séquences. Or, quand Cre rencontre un fragment d'ADN avec plus de deux sites Lox , il va "utiliser" deux sites Lox choisis au hasard parmis ceux disponibles. Ainsi, une fois activé, Cre ne va pas découper l'ADN de la même manière d'une cellule à l'autre. On peut encore rajouter un degré de complexité en utilisant le fait que lorsque deux sites Lox sont montés "à l'envers", l'enzyme Cre inverse la séquence d'ADN entre les deux sites. Chaque cellule va finir par exprimer une combinaison de doses des différentes couleurs.
Cette nouvelle technique, outre son aspect esthétique indéniable, apportera des renseignements rapides sur la mise en place de réseaux neuronaux et les défauts de ces réseaux dans les différentes souris qui modélisent des maladies neurodégénératives par exemple. On peut en effet connaitre les connexions de plusieurs centaines de cellules à la fois, ce qui permet un gain de temps considérable par rapport aux techniques classiques.
vendredi 9 novembre 2007
Pour se détendre...


Evident site culte, le site où on peut détourner la couverture des albums "Martine", héroïne nunuche des bouquins pour enfants du siècle dernier.
http://martine.logeek.com/index.php
Voici mon préféré à gauche et à droite une création personnelle...
mardi 6 novembre 2007
Tout va bien... (suite et pas fin)
mardi 30 octobre 2007
Du cerveau au petit embryon
Ce n'est pas la première fois qu'on retrouve des voies de signalisation classiques de cellules différenciées "reprises" pour des cellules embryonnaires. Par exemple, l'endothéline et ses récepteurs qui ont un rôle dans le contrôle de la contraction des vaisseaux sanguins ont aussi un rôle dans la migration de cellules dans l'embryon, une fonction qui n'a rien à voir avec la précédente et à un autre stade du développement. Voila comment on fait de grandes choses avec un nombre de gènes qui n'est pas si grand que ça : on recycle sans arrêt les mêmes molécules !
mardi 23 octobre 2007
Le nouveau tube de Jason Malachi...
samedi 20 octobre 2007
Pas du tout élémentaire, mon cher Watson
Watson a déclaré qu'il aurait aimé que tout le monde soit égal, mais que "ceux qui ont à traiter avec des employés noirs savent que ce n'est pas vrai". "Nos politiques sociales se fondent sur le fait que leur intelligence est la même que la nôtre (Occidentaux blancs), alors (...) que toutes les recherches concluent que ce n'est pas vraiment le cas".
Ces déclarations font d'ailleurs suite à diverses autres déclarations fracassantes sur les gènes de l'homosexualité et le lien supposé entre pulsions sexuelles et couleurs de peau (je vous laisse imaginer le gros préjugé...).
Le problème n'est pas tant que ces propos sont choquants (quelquefois la vérité peut choquer...), que le fait qu'ils sont faux. Watson, obnubilé sans doute par sa découverte majeure sur l'ADN et la génétique, surestime l'impact de l'inné (génétique) et sous-estime l'influence de l'acquis. Il est évident que le contexte familial, la présence plus ou moins forte d'une religion abrutissante et infantilisante, l'accès à l'éducation scientifique...va influer massivement sur les capacités cognitives logiques d'un individu. Le danger avec Watson, c'est que ses propos vont être repris par ce que j'appelle les partisans des "petites cases" (ceux qui aiment classer les gens dès leur naissance avec tous les préjugés possibles) avec le label "Un Nobélisé l'a dit c'est que ça doit être vrai". Je rappelle donc que les Nobélisés ont un cerveau qui dégénère comme tout le monde avec l'âge et que ce n'est pas parcequ'on a été doué un jour en génétique et en biochimie que l'on peut échapper à une éducation raciste et xénophobe très répandue à l'époque où Watson a développé ses propres facultés cognitives.
lundi 15 octobre 2007
Affichage du deuxième type
vendredi 12 octobre 2007
Les magiciens d'"Oz"
Leo Glynn: Hey, Tim, want to grab some dinner?
Tim McManus: Appreciate it, Leo. I can't.
Leo Glynn: Too much work to do, right? You can take a break from saving the world. Even Jesus had supper. Tim McManus: Yeah, and right afterwards he was betrayed and crucified.
Leo Glynn: I'll try not to take that personally.
Donald Groves: [gives Alvarez a stamp] Here.
Miguel Alvarez: I don't wanna write anybody a fucking letter. I wanna get fucking high.
Donald Groves: You lick the back. It's liquid LSD.
Miguel Alvarez: Groves, this gives stamp collecting a whole new meaning, baby
Vernon Schillinger: So the state's gonna let Keane choose which way he's gonna go out. Me, I'd take hanging.
Mark Mack: What about lethal injection?
Vernon Schillinger: That's for pussies.
Donald Groves: They say that lethal injection causes no pain. How do they know? Did someone come back from the dead and say they didn't feel anything?
Tim McManus: You say you've changed. Why should I believe you?
Vern Schillinger: Trust me, McManus, you lose an eye, you get kicked in the balls, you get a face full of shit, you become a different man.
Beecher: You've got to transfer me to another cell block.
Tim McManus: All the other cell blocks are full.
Beecher: Well transfer me to another prison.
Tim McManus: Do I look like a travel agent to you?
Leo Glynn: People, we've got three murders in two weeks. I got the Commissioner yelling in my ear and the press shoved up my ass. The Governor's threatening to send in the feds. And my daughter wants to move into an apartment with her boyfriend. Somebody, help me out here.
Vernon Schillinger: You're not a Jew, are you?
Tobias Beecher: Me? Jewish? I don't even like Barbra Streisand.
Augustus Hill: Do we care for people when they're sick because we actually care about them? Or do we care for them because when our time comes, we want someone to care for us? Or does it matter? At least you got your health. Don't you hate it when people say that? I mean, you lose your job, you lose your wife, you're in prison, and some punkass dude gonna say, "At least you got your health." Like that's supposed to make me feel better. So what if I'm broke? So what if some drug dealer wants to cap my ass? At least I ain't got a tumor. I swear, the next person that says ALYGYH to me, I'm gonna make sure they ain't got their health much longer.
mardi 9 octobre 2007
Des Nobels qui ont échoué...
Le prix Nobel de médecine vient d'être attribué à deux américains (c'est un pléonasme) et à un anglais pour leurs travaux vieux de 20 ans qui ont permis la mise au point de la technique dite du "knock-out" (KO). Il s'agit de comprendre la fonction d'un gène en le détruisant (on n'est pas forcément très subtil en biologie moléculaire...) ou mieux en le remplaçant par un autre gène (ça s'appelle très finement le knock-in) chez la souris. Nos Nobels ont découvert que pour réussir cela il fallait réaliser la mutation dans les fameuses cellules embryonnaires souches (cellules ES). La souris est suffisamment proche de l'homme (tout est relatif...mais nous raisonnons par rapport aux autres modèles classiques : levure, drosophile, xénope...) pour espérer modéliser des maladies génétiques humaines chez des souris. Le plus drôle dans l'histoire c'est que nos Nobélisés ont en fait commencé par échouer dans la modélisation d'une maladie.
Le premier KO réalisé par Martin Evans publié
en 1987 dans Nature consistait en une tentative de modélisation du
syndrome de Lesch-Nyhan (troubles neurologiques et comportementaux
(auto-mutilations) dus à l'accumulation d'acide urique) qui est
associé chez l'homme à des mutations dans HPRT (hypoxanthine-guanosine
phosphoribosyl transferase, une enzyme impliquée dans le recyclage des
bases puriques (des constituants de l'ADN). Et les souris KO obtenus, bien que ne produisant pas de HPRT,...n'ont pas présenté de phénotype (de maladie) !! C'est que les voies de
biosynthèse impliquées sont différentes entre l'homme et la souris.
C'est donc assez amusant de voir que dès le premier KO, les chercheurs
sont tombés sur le principal défaut de cette approche pour modéliser
des pathologies humaines... Mais en vingt ans bien d'autres KO ont été générés pour environ la moitié des gènes de la souris et ont amené une quantité d'informations incroyables dans tous els domaines de la biologie.
mercredi 3 octobre 2007
La plante, la larve et le taxonomiste

Voila une jolie histoire qui pourrait être une fable :
Tous les taxonomistes (les chercheurs qui classent les organismes vivants) pensaient que les Brunfelsia (espèces de buissons et d'arbustes sud-américains) étaient des végétaux de la famille des Scrophulariacées. Cette plante est parasitée par les larves de Thyridia (un Lépidoptère, famille du papillon). Or toutes les autres plantes mangées par les larves de Thyridia sont des Solanacées (la famille de la tomate et de la pomme de terre), ce qui amena à une meilleure observation des structures de Brunfelsia et...à son déplacement vers le groupe des Solanacées. Merci donc les larves de Thyridia qui n'ont pas une connaissance plus fine de la taxonomie végétale mais qui sont très sensibles à des métabolites secondaires qui constituent la signature chimique de chaque groupe de végétaux.
vendredi 28 septembre 2007
Raconte moi des moutons
Il y a aussi de beaux moments de poésie quand les moutons contemplent les moutons-nuages dans le ciel et essaient de communiquer avec eux.
lundi 24 septembre 2007
On n'a pas fini d'écouter France Info
Le 11 septembre 2001 est-il un "false flag"?? Un article de Wikipédia fait le point.
dimanche 23 septembre 2007
Les doubles dents de la mer

Un article du Nature du 7 septembre 2007 apporte un éclairage étonnant sur les modes de capture de proie de la murène, un poisson de la forme d'une anguille et qui est un prédateur féroce vivant tapi dans des cavernes sous-marines et des anfractuosités des récifs coraliens (où il est d'ailleurs au sommet de la chaine alimentaire). Il possède en plus de ses machoires dentées habituelles, des machoires pharyngiennes également dentées qu'il est capable de projeter dans sa cavité buccale pour attraper sa proie dans sa bouche et la trainer vers son oesophage (en la charcutant un peu plus au passage). C'est un peu comme si on avait une seconde bouche dentée dans la gorge que l'on projeterait dans la première bouche puis retirerait vers l'arrière pour être sur de ne rien perdre de son repas. Ca serait d'ailleurs très pratique pour manger des spaghetti.
vendredi 14 septembre 2007
Lovestoned (I think that she knows)
Je croyais que Justin Timberlake était juste un chanteur lambda pour midinettes mais force est de constater qu'il aligne une série de bons titres depuis quelques temps (voir aussi cette chanson). La première chanson "Lovestoned" musicalement c'est d'ailleurs du Michael Jackson pur jus comme on n'en fait plus. Coté danse, il faut qu'il s'améliore le petit Justin; ça ne suffit de bouger son beau petit c... pour être un bon danseur.
vendredi 7 septembre 2007
Les producteurs de pétrole se la pètent

Un article du Spiegel à faire dresser les cheveux sur la tête !
Les plate-formes et les forages pétroliers brulent chaque année en pure perte 50 milliards de mètre-cube de gaz (soit 5% de la consommation annuelle). Le gaz (surtout du méthane) surplombe les couches pétrolifères et pour les compagnies purement pétrolières c'est un déchet. Vu que le pétrole est suffisamment cher pour assurer des jours heureux à leurs actionnaires et PDGs, ces compagnies "qui se soucient de l'environnement" (style Total, vous voyez le genre...) ne sentent pas le besoin d'investir dans des tuyaux pour récupérer et acheminer le gaz. Bilan : un gachis épouvantable (alors qu'on s'inquiète des réserves de gaz mondiales) et surtout une contribution majeure à la hausse de l'effet de serre d'autant plus que le méthane a un effet vingt fois supérieur par rapport au CO2.
jeudi 6 septembre 2007
Deep impact factor
Les scientifiques publient leurs travaux dans des journaux spécialisés avec "revue par les pairs" c'est-à-dire que pour publier il faut que deux ou trois scientifiques indépendants sensés s'y connaitre dans le domaine valident l'article en vérifiant que les expériences ont été bien et complètement menées et si les travaux amènent quelque chose de réellement nouveau. Les différents journaux ne sont pas équivalent mais ont chacun un impact factor c'est-à-dire un nombre qui correspond au nombre moyen de fois qu'un article dans ce journal est cité par d'autres publications (avec le biais que évidemment la médecine est surévaluée par rapport aux autres disciplines). Les scientifiques sont évalués par leur nombre de publication, l'impact factor des journaux où ils ont publié et le nombre de fois que leur article a été cité deux ans après sa parution.
Ce système qui parait juste au premier abord amène de nombreux problèmes si il est considéré seul comme le critère absolu pour trier le bon grain de l'ivraie chez les scientifiques. Tout d'abord, publier dans un journal avec un fort impact factor ne veut pas dire que l'article en question sera très cité, même si ce dernier paramètre est aussi pris en compte. Ensuite, ce système entraine des effets de mode .Par exemple plus on va étudier une molécule plus les travaux sur cette molécule seront cités, plus ce sera rentable de faire un nième article sur cette molécule. A contrario, des articles pourtant fondamentaux comme celui décrivant la double hélice d'ADN en 1953 ou le complexe Hox en 1978 n'ont été cités que très peu durant les deux premières années car trop en avance en quelque sorte sur leur temps. Ensuite, beaucoup de chefs d'équipe préfèrent essayer de "passer en force" dans un journal avec un haut impact factor au prix d'une perte de temps considérable, notamment pour les petits thésards et les post-docs, au lieu de chercher à publier dans un journal vraiment au niveau de l'article, où il sera accepté sans trop de problème ou de délais. Enfin, il y a un aspect assez "commercial" dans tout ça. Beaucoup de chefs d'équipe hantent les congrès, non pas pour partager leur savoir, mais pour "vendre" leur travail à de futurs "reviewers" potentiels.
vendredi 17 août 2007
Smoking/No smoking
Ce principe peut tout à fait illustrer le principe de contingence en Evolution. L'histoire évolutive sur notre planète est unique et si on remontait 200 millions d'années en arrière, elle ne se déroulerait pas une deuxième fois de la même façon. Des évènements totalement indépendants du monde vivant ont jalonné cette histoire : chute de météorites, éruptions volcaniques massives, mouvements tectoniques. L'exemple classique est la disparition des dinosaures il y a 65 millions d'années qui a laissé les niches écologiques dominantes aux Mammifères. D'autres exemples existent comme par exemple le quasi-remplacement des Brachiopodes par leur équivalent Mollusque, les Lamellibranches (comme la moule ou la coquille Saint-Jacques) après la crise du Permien il y a 250 millions d'années. Sans cette crise (aux origines plus ou moins inexpliqués), on mangerait chez Léon des Brachiopodes avec des frites avec des lophophores qui nous chatouillerait le palais (le lophophore est une structure présente chez les Brachiopodes mais pas chez les Lamellibranches). Mais peut-être que "Chez Léon" n'existerait pas et d'ailleurs nous-même non plus...
dimanche 12 août 2007
Le cil vous plait
Cela change depuis quelques temps. Il y a eu la découverte très innatendue il y a quelques années de l'implication des cils dans la génération de l'asymétrie droite-gauche chez les embryons de Vertébrés (asymétrie qui se manifeste par la position du coeur, l'enroulement des intestins, les aires du cerveau...). Imaginez un petit bassin appelé noeud de Hensen au beau milieu de l'embryon. Le petit bassin est rempli de liquide. Des cellules déversent dans ce liquide des particules (lipoprotéiques) contenant une protéine appellée Sonic Hedgehog (Shh). Initialement Shh est réparti uniformémént dans le petit bassin. Mais une rangée de cellules possèdent des cils qui battent tous dans le même sens. Donc un courant se crée provoquant l'accumulation de Shh vers un des côtés. Les cellules qui reçoivent plus de Shh que les autres sur un des bords du bassin interprètent et décodent l'information Shh : tu es une cellule à gauche. Et voila pourquoi votre coeur est plus à gauche !!! La question qui ne manque pas d'apparaitre maintenant c'est "Mais pourquoi tous ces cils battent-ils tous vers un même coté ? Il y a une polarité pré-existante ??". On n'en sait encore rien mais vous voyez bien que ces cils sont intéressants...
Deuxième surprise dans un Science du 20 juillet 2007, Rohatgi et al. nous apprend que les récepteurs à Shh se trouvent aussi concentrés sur des cils (immobiles ceux-là qu'on appelle des cils primaires) et qu'ils fonctionnent comme des interrupteurs cellulaires. Shh se fixe sur les cellules sur un récepteur Patched. On savait qu'en absence de Shh, Patched inhibe la protéine Smoothened qui permet d'activer les messagers de Shh appellés Gli à l'intérieur de la cellule. Shh inactive Patched en se fixant à lui donc Patched ne peut plus inactiver Smoothened et les messagers Gli peuvent aller accomplir leur mission. C'est le coup classique de "j'inhibe un inhibiteur pour activer" ou "l'ennemi de mon ami est mon ennemi". L'histoire est un peu plus complexe car Patched sans Shh active quand même les Gli mais sous une forme "répressive de la transcription" alors que quand Shh est là, Patched ne peut pas pervertir nos petits Gli et c'est Smoothened (bien nommé) qui les rend "activateurs de la transcription".
Et le cil dans tout ça ??? Et bien il crée un domaine cellulaire restreint où va se jouer le destin de Gli. Car Gli s'accumule dans le cil. Sans Shh, Patched tout puissant empêche Smoothened de rentrer dans le cil (en inhibant la production d'oxystérol à partir du cholestérol très abondant dans la membrane des cils; cet oxystérol est nécessaire à Smoothened pour être stable dans les cils) et donc Gli ne peut que subir l'éducation de Patched et devenir "répresseur". Quand Shh s'arrime à Patched, Patched se retrouve internalisé dans une vésicule et dégradé donc il laisse le champ libre à Smoothened qui après entrée dans le cil corrige nos petits Gli en activateurs. Longue vie à tous nos petits cils !!!
dimanche 5 août 2007
L'exception culturelle française
Dernier exemple en date, ce site qui montre qu'un pays "sous-développé" comme la République Tchèque est capable d'apporter une information claire et pratique sur les trains en retard en direct. Quand on clique sur les petits triangles qui représentent les trains, on a le retard du train en question et en plus on peut accéder à l'historique de tous les retards du train entre différentes stations depuis quelques mois. Cela dit, cela ne m'étonne pas que ce soit la République Tchèque qui ait développé cet outil car les retards de trains sont chroniques.
Pour continuer dans l'info férroviaire, pour rechercher des horaires et des trajets il vaut infiniment mieux utiliser le site de la Deutsche Bahn plutot que celui de la SNCF.
Pareil pour la météo, si vous voulez suivre les impacts de foudre en direct en Europe, vous avez un site...québécois, un site allemand et un site français fait par des amateurs...mais rien de MétéoFrance ou alors il faut payer bien sur...La sécurité a un prix. L'ensemble des sites gratuits que j'ai cité sont accessibles ici.
Et évidemment vous pouvez faire des animations satellites personnalisés sur un site...tchèque, une fois de plus.